과거의 생물학적 수질정화는 주로 미생물에 의하여 분해되기 쉬운 물질이거나 독성이 적어서 미생물에 해가 적은 오염물질을 대상으로 적용되어 왔다. 하지만 최근에는 다른 방식의 처리공정에 생물학적 처리공정을 연계하거나, 새로운 생물 분해공정의 개발, 현장내 처리기법의 개발, 기존 생물학적 처리공정의 개선 등을 통하여 난분해성, 독성 오·폐수정화에도 생물학적 처리방법이 널리 이용될 수 있는 가능성을 보여주고 있다. 또한 생물학적 처리공정은 폐기물을 재활용하거나 에너지 및 원료 재이용률을 높여서 환경친화적 기술로도 개발될 수 있다. 최근에 개발된 생물학적 처리기술은 시설투자비와 운전비가 낮은 장점도 갖고 있으므로 관련 기술에 대한 연구와 개발이 지속적으로 이루어져야 할 것이다.