팔당호 수질개선을 위해 한강법에 의해 도입된 총량관리제는 팔당특별대책지역에 속하는 대부분의 시·군이 총량관리계획을 수립하였거나 계획수립에 착수함으로서 시행을 위한 첫 단추를 끼게되었다. 그러나, 수질개선과 지역개발의 조화라는 상반되는 목적을 자율적 시행체제를 통해 달성해야한다는 제도상의 한계로 인해 개발압력이 큰 일부 시·군의 경우 총량관리제를 지역개발 여지를 최대한 확보하는 수단으로 받아들이고 있는 실정이다. 이러한 역기능을 근본적으로 방지하기 위해서는 의무적 시행체제로의 전환이 요구되지만 지역여건을 고려할 때 단기적으로는 자율적 시행에 따른 문제점 보완에 주력하는 것이 바람직해 보인다. 우선 팔당호 수질개선이라는 정책적 목표를 훼손하지 않는 범위에서 시·군이 납득할 만한 수준의 현실적인 목표수질을 개발·제시하여 현안인 목표수질의 재설정 문제를 확실히 정리할 필요가 있다. 이와 더불어 총량관리의 이행수단을 제공하기 위한 관련제도의 개선 및 보완을 추진하고, 이해상충 문제 해결을 위한 협의체를 운영하며, 총량관리 시행의 필요성에 대한 교육·홍보가 지속적으로 추진된다면 자율적 시행이라는 한계에도 불구하고 총량관리제가 실질적인 수질개선에 기여하는 제도로 정착될 수 있을 것이다.