지질기원 토양오염을 입증하기 위한 세부 조사 및 평가 방법이 미비하여 판단에 어려움이 발생하고 있고, 인위적 오염과 구분되는 지질기원 토양오염의 특성을 고려한 차별화된 관리 방안의 필요성이 대두되고 있다. 또한 토양오염 관련 정보의 통합적 관리 및 활용 체계가 미흡한 상황이다. 토양측정망 및 환경영향평가 토양정보 분석 결과, 불소와 비소의 지질기원 오염 가능성이 확인되었다. 최근 3년간 공공기관이 발주한 불소 오염토양 정화사업에서 토양세척 비율이 증가하는 추세이다. 민간 부지개발 사업에서는 자연기원 불소 오염이 주요 원인으로 나타나고 있어, 이에 대한 대책 마련이 필요하다. 일본의 경우 자연 유래 토양오염에 대해 별도의 조사 및 관리 체계를 운영하고 있다. 특히 일본은 자연 유래 특례구역 지정, 형질변경 기준 완화, 특례구역 간 토양 이동 허용 등의 정책을 통해 지질기원 토양오염을 차별화하여 관리하고 있다. 지질기원 토양오염의 적정 관리를 위해 다음과 같은 정책을 제안한다. 첫째, 자연기원 토양오염 입증 방법을 구체화하기 위해 조사 및 평가 지침을 제정해야 한다. 이 지침에는 조사 대상 선정, 시료 채취, 분석 방법 등의 세부 규정과 지질학적·지구화학적 특성 평가 방법이 포함되어야 한다. 둘째, 지질기원 토양오염 관리를 합리화하기 위해 자연기원 토양오염의 법적 정의를 신설하고, 별도의 조사, 평가, 관리 체계를 마련해야 한다. 위해성평가 적용 범위를 확대하고 유연하게 적용하며, 정화 및 관리 주체를 명확히 하고 공공의 역할을 확대해야 한다. 셋째, 통합 정보 시스템을 구축하여 토양 모니터링 시스템을 개선하고, 오염원, 오염부지, 정화 현황 등을 포함한 종합적인 토양오염 정보 시스템을 구축해야 한다.